2波あった日本への新型コロナウィルスの侵入

    

国立感染症研究所のゲノム解析研究センターが面白い報告をしていますのでご紹介します。
この研究はゲノムの解析を通して、どのようなタイプの新型コロナウィルスが日本に侵入したのかをみています。

まずはゲノムとはなんぞやからいきましょうか。

「ゲノムとは、遺伝子（gene）と染色体（chromosome）から合成された言葉で、DNAのすべての遺伝情報のことです。
遺伝とは、たとえば鼻の形が似ている、ある病気にかかりやすいなどの、親の生物学的な特徴が子供に伝わることで、それを伝えるDNAの特定の部分が遺伝子です」

煎じ詰めれば、「DNAのすべての遺伝子情報」のことだと考えればいいようです。
ですから、一般的に「新型コロナウィルス」と呼んでいても、実はもう既に多くのサブタイプ(亜種)に変異しているわけで、ゲノム解析をすることで、いつどのようなタイプが日本に侵入したのか、世界はどのタイプによって感染されたのかが、一目瞭然となるというわけです。

これはとても便利。
だって、後にどこからウィルスが侵入したのかを洗い出すのはエライ大変なことだからです。
なんせ中国ときたらこれは国外から来ただの、米軍が武漢に撒いたんだ、わが国は被害者だぁなど、世界の誰も信じないことを公然と言っているのですから、こういう破廉恥な国にはゲノム解析の証拠をつきつけてやらねばなりません。
あー、やっかいな震源地国だこと。早く謝って楽になっちゃいなさい。

さて感染症研究所ゲノム解析センターはこのように述べています。
4月27日『新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム分子疫学調査』
https://www.niid.go.jp/niid/ja/basic-science/467-genome/9586-genome-2020-1.html

「SARS-CoV-2のゲノム上にランダムに発生する変異箇所の足跡をトレースすることにより、感染リンクの過去を遡り積極的疫学調査を支援している。中国発の第１波においては地域固有の感染クラスターが乱立して発生し、“中国、湖北省、武漢”　をキーワードに蓋然性の高い感染者を特定し、濃厚接触者をいち早く探知して抑え込むことができたと推測される」

いかにも学者らしい分かりにくい書き方ですがかみ砕くと、第一波は今年武漢で大発生した新型コロナは当初「武漢」「中国」「湖北省」の三つのキイワードで感染経路を特定できたので、比較的容易に制圧が可能だったということです。

押谷仁教授が、流行状況には「波」がふたつあったことを分かりやすいグラフで説明しています。クリックすれば大きくなります。

第一波はグラフ左下隅の1月16日の国内最初の感染例です。ここから武漢帰国者・訪日客から感染が始まり、1月25日の武漢交通封鎖へと続いていきます。
これに1月29日の武漢からのチャーター機の帰国者が続き、2月3日にはダイヤモンドプリンセスからの最初の感染者が確認されます。
2月13日には、東京、和歌山クラスターが発生し、愛知(2/24)、大阪(5/25)などへと全国化していき、2月28日には北海道で緊急事態宣言が出されます。

そして3月5日には中韓からの渡航制限措置がとられます。
ここでやっと上図の中央あたりですが、これが終息しないうちに第二波が被ってきたからやっかいになります。
遅まきながら3月11には、WHOがパンデミックを宣言しますが、この頃にはもうヨーロッパが感染爆発し、それは日本にも及んでいたわけです。これが日本の第2波の原因です。

感染症研究所はこの感染拡大状況をこのように述べています。

「しかしながら、緻密な疫学調査により収束へと導くことができていた矢先、３月中旬から全国各地で “感染リンク不明” の孤発例が同時多発で検出されはじめた。
このSARS-CoV-2 ハプロタイプ・ネットワーク図が示すように、渡航自粛が始まる３月中旬までに海外からの帰国者経由（海外旅行者、海外在留邦人）で　“第２波”　の流入を許し、数週間のうちに全国各地へ伝播して “渡航歴なし・リンク不明” の患者・無症状病原体保有者が増加したと推測される」(感染症研前掲)

下図がハプロタイプ・ネットワーク図です。赤いドットが初期の武漢からのウィルスです。

ちなみに中国科学院シーサンパンナ熱帯植物園(雲南省)郁文彬博士によるゲノム分布図はこのようなものです。

日本は青色で区別され、Group AのH53（2例）とH52（1例）、Group CのH51 （1例）とH32（1例）が日本の患者です。、

　　　　●Group AのH53とH52：東京(計3例)
　　　　●Group CのH51（1例）：京都
        ●H32（1例）：愛知

もはや初期の武漢発のウィルスではなく、変異を繰り返していて、日本に侵入したウィルスは基本的に3ツのタイプでした。
これが時間差をあけて日本列島に侵入し、ひとつが終息しないうちに次の亜種が被って乗っかってきたために、防疫が難しくなったようです。

その原因を押谷教授は、「中国からの第一波が終息しないうちに、非常に多くの感染者がヨーロッパやアジアから流入した」ことを上げています。下図もクリックすると大きくなります。

この図の輸入症例の地域を見ると、初期の第一波では赤色の中国しかありませんでしたが、2月10日前後から消滅に向かい、代わって第二波の主力となったのが青色のヨーロッパ系だとわかります。

そして感染研は不吉な予測で締めくくっています。

「現状、収束の見込みはあっても終息までにはさらなる研究開発が必須であり、時間を要すると思われる。第３、第4の波が来ることは必然」(前掲)

毎日馬鹿メディアは「速報！東京で〇〇人の感染確認！」なんてやっていますが、出て当然。問題はトレンドが今なお上昇し続けているのか、下降し始めているかなのです。特にいつまでも岡田晴恵とラサール石井にしゃべらせているTBS、タチが悪すぎます。

気を引き締めて、メディアに惑わされず、楽観していきましょう。長丁場になりそうですから。

●国内感染者１４９５２
　退院３１８７
入院中１１３８９
軽中度・無症状５７１４
人工呼吸/ICU ３０５
確認中６６３
待機中３１０
症状有無確認中４３９７
死亡３７６

●世界の感染拡大状況   ※クリックすると大きくなります。